Kemudian, sejak 1998 sampai dengan 4 September 1999, ia menjabat sebagai Kepala BAPELKES Dili Timor-Timur.
Dari Dili, Domi Mere kemudian beralih menjadi Kepala BAPELKES Kupang (September 1999 sampai dengan Maret 2001).
Di tanah kelahirannya, Ende, suami dari Dr. Dra. Maria Matildis Banda, MS ini pun pernah menduduki posisi strategis di lembaga eksekutif/birokrasi.
Ia misalnya pernah menjabat sebagai Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten Ende (2001-2008)Kemudian ia dipercayakan sebagai Kepala Badan Perencanaan Pembangunan (Bappeda) Kabupaten Ende (2008 – Maret 2013).
