Tahun 2005 Yosef Benediktus Badeoda masuk Partai Demokrat bersama Amir Syamsudin di departemen hukum partai Demokrat besutan Susilo Bambang Yudoyono dan diangkat menjadi Sekretaris Kehormatan dan Mahkama Partai.
Pada tanggal 14 Februari 2018 Yosef Benediktus Badeoda mengantikan posisi Benny K Harman melalui Pergantian antar waktu dalam rapat paripurna mewakili NTT 1.